Molécula do latim moles + culum, que significa “massa pequena”. Na língua portuguesa, a palavra molécula teria surgido diretamente a partir do francês molécule, que significa “quantidade de matéria pequena”.
No entanto, a raiz etimológica deste termo vem do latim moles, que significa “massa”, mais a junção do sufixo culum, que funciona como um diminutivo. Assim, o significado de molécula seria semelhante a “massa pequena”. A palavra francesa, que começaria a conceituar o grupo de átomos que consiste as moléculas, só foi utilizada pela primeira vez em meados do século XVII e XVIII.