Abonar provavelmente variação de aboar, registrar como bom, do latim bonus, bom, e bona, boa. Tornar uma coisa boa foi originalmente aboar, processo comum na formação de palavras, em que o adjetivo boa recebeu os afixo a-, no início, e -ar, no final.
O prefixo a- e o sufixo -ar são utilizados para designar, por exemplo, como boa uma falta ao trabalho, desde que justificada. Quer dizer, a falta seria em si uma coisa ruim, transformada em boa nas circunstâncias em que ocorreu: doença, morte, viagem etc.
Quando um trabalhador diz “tal dia não irei ao trabalho, vou abonar”, o significado é entretanto sequestrado, pois quem pode abonar é a autoridade. Aos poucos, porém, quem se encarregou de abonar as próprias faltas foi estranhamento o interessado.
Abono é da mesma família e por ter recebido também a influência do francês borne, marco, limite. Por exemplo: além dos rendimentos ou salários habituais, o trabalhar recebe um abono, representado por quantia adicional que não integra o salário para efeitos de reajustes futuros, mas integra para descontos.